Я понимаю, что с точки зрения дивнюка это возвышенный необсуждаемый предмет.
Но с точки зрения науки обстоит так: если мы принимаем мир, созданный Толкином как гипотетическую реальность, то там магия - материальна, душа - материальна. А значит, в рамках этой концепции, феа (душа) - это структура. Как у нас, например, комплекс Гольджи - структура, эндотелий сосудов - структура.

Тип наследования по принципу квазивирусной генетики. У эльфов же как у космодесанта - наследственная информация вся в одной структуре. Только это не геносемя, а вообще полуматериальная квантовая субстанция - так называемая феа. Стуктура генома пластичная и может меняться под действием психосоциальных факторов. То есть буквально: мама во время беременности много думала о хорошем, о птичках-бабочках, о белых простынках и Свете Дерев и сын родился блондин. Там у них формирование фенотипа "под настроение" - обычное дело.

Что издавать, а что нет в Силмариллионе выбирал не его сын, а он сам. Его сын предоставил рукописи издательству.
Вы абсолютно не знаете предмет, а ваши дивные фантазии мне неинтересны.
Оревуар.

1. В черновиках автор сам себе пометил на полях "переделать что орки это не эльфы". Но не сделал этого. И единственное упоминание так и осталось.
2. Эти документы я читал в оригинале. Ничего столь категоричного там нет. Напротив, указывается, что орки "вовсе пропали - то ли вымерли, то ли подались на Восток". Извините, но это неопределённость. Кроме того, протестовать против опубликованного канона с помощью авторских черновиков - это демагогия. Ведь по какой-то причине он их не включил в корпус изданного, верно? Вы ведь понимаете, что в письмах, заметках и черновиках были варианты полностью противоречащие итоговому? Но отброшенные.
3.Перумова начитались. Орки есть орки и речь шла конкретно о них. А "прочие духи" сами по себе.
Извините, но ваши аргументы дивнотой попахивают. Давайте обсуждать фактический и литературоведческий аспект. Кстати, почему вам хочется чтобы орки вымерли полностью?

Описанная ситуация имела место быть по крайней мере четырежды за историю Средиземья и не привела к полном исчезновению орков. Наиболее пакостные особи как совершенно верно написано в вашей цитате "укрывались в темных щелях и норах".
Верным является утверждение, что воля майар и валара вызывала многократный рост популяции орков - много больше естественно необходимого для данной эпохи и местности. После исчезновения движущей силы популяция сокращалась до естественного ничтожного (но не нулевого) размера. Потому что зло и тьма есть и будут в Арде абсолютно всегда, хотя бы в минимальных количествах. Потому что Мелькор учавствовал в Первой Музыке Айнур, да ещё и как один из ведущих. Потому что однажды им были осквернены Древа и последствия этого "неизбывны". Потому что до Солнца и Луны была Тьма, в которой бродили тёмные создания (в Силмариллионе хорошо показан этот момент в описаниях Первого Исхода). Поэтому частица тьмы в Арде есть всегда и она питает некоторое небольшое количество злых и гадких существ, обитающих в подпольях и тёмных щелях. Потому что без антитезы теза бессмысленна. И так будет до Второй Музыки Айнур.
Всё вышесказанное прямо говорится в трилогии, Силмариллионе и Неоконченных Сказаниях.
Касательно же наличия феа у орков: орки это потомки эльфов, чародейски изменённых Мелькором. У них есть феа в виде жалкого остатка, извращённого и перевёрнотого. Этот остаток и заставляет их помнить свет и ненавидеть его, завидовать будучи неспособными вернуться. Очень хорошо этот момент описан в трилогии, когда рассказывается суть изменений в душе Смеагола/Голлума. Именно так действует Тьма у Толкина - извращает, оскверняет.
Но, согласно тем же онтологическим принципам, Тьма не может уничтожить Свет до конца и не может создать ничего нового. Этот принцип сказан много раз и пронизывает все повествования. Следовательно, феа у орков есть. Убогое и жалкое, слабое и нестабильное, но есть. Поэтому, чтобы избавиться от них, их надо или переловить всех до одного (что смешно, поскольку они обитают во всех без исключения горах Востока) или переписать базовый код мира (Вторая Музыка).
Как-то так.